如果干燥机进料系统停机进行清洁，则会导致干燥机停机，从而减少生产月份的可用时间。以喷雾干燥机为例，在食品或乳制品厂中，喷雾干燥器的进料系统通常必须每天洗涤或CIP。在经常在产品，批次和产品之间切换的食品厂必须分开。一个热门的问题是处理变应原类和过敏原类之间的清洁。
  
  可以在进料系统CIP中进行许多简单的增量操作改进，以缩短周转时间，例如，是否需要从喷雾干燥器中取出喷枪并将它们连接起来以便尽可能有效地进行清洁？经过压力测试并准备安装的第二组喷枪可以避免操作员两次覆盖相同的地面。
  
  有一种趋势是使用具有两个进料系统的喷雾干燥器，每个进料系统可以100％的容量运行。虽然这种方法对喷嘴雾化系统特别有效，但它也可为旋转雾化系统提供优势。如果进料系统CIP要求喷雾干燥器每天或每周停机几小时，则可以使用双进料系统重新获得这些小时数。